La segunda época histórica de la Francmasonería es poco conocida y apenas duró tres siglos bajo el Cristianismo. Pereció casi por completo en la época de Constantino, a consecuencia de las enconadas disputas teológicas y a la impericia de sus sucesores, y desde entonces, si la Masonería existió, fue sólo entre una clase determinada, entre los obreros talladores de piedras, que en sus Logias juraban no revelar a los profanos o no iniciados los secretos del arte de la construcción, y no proporcionar trabajo más que a aquellos que por medio de signos especiales se dieran a conocer como iniciados.

Sin embargo, varios historiadores sostienen que la Francmasonería fue introducida en Europa bajo tal denominación por los Cruzados, a su vuelta de Palestina, y que recibieron la iniciación y estudiaron los Misterios tradicionales en el Asia, en donde eran conservados por el corto número de cristianos que allí se contaban, no siendo extraño que los nuevos iniciados hubiesen adoptado, al par que el lenguaje simbólico de los primeros, el proyecto moral de la reconstrucción del templo de Jerusalén, aspiración constante de los hebreos, con los cuales fraternizaron, y que tomaron el nombre de Masones Libres en oposición al oficio vulgar de albañiles, que en aquella época era sólo practicado por esclavos. De aquí nació el hecho de que para ser admitido a la iniciación era requisito indispensable ser hombre libre, y así se explica que la Masonería haya tomado de la Biblia muchos de sus emblemas y alegorías, como medio de enlazar los antiguos Misterios a los modernos.

Por un cambio demasiado frecuente en las revoluciones, los sacerdotes de la religión cristiana, los que predicaban la libertad y la igualdad, se erigieron en señores de sus hermanos. Olvidaron por completo la sencillez y humildad recomendada por el Evangelio y jurada por ellos; se formaron un reino de este mundo y reinaron orgullosamente, empuñando la espada destructora al par que colocaban la corona sobre sus cabezas, e impusieron, bajo pena de muerte, nuevos dogmas y nuevas prácticas y creencias.

Ya no eran los perseguidores de la verdadera doctrina de Jesús los Tiberios, Calígulas y Dioclecianos; lo fueron sus innovadores creando una especie de esclavitud hasta entonces desconocida, a la que querían someter a todos los hombres, haciéndoles abandonar su inteligencia y abjurar de la razón humana.

Después comenzaron aquellas terribles guerras de religión y aquella serie de asesinatos y persecuciones que duraron doce siglos. La intolerancia de los Papas produjo el cisma de la Iglesia Cristiana, dando origen a la Reforma y al desarrollo de sangrientos sucesos como la Saint-Barthélemy; y en una parte asesinando hugonotes, en otras quemando herejes, es decir, hombres de otras creencias; más allá sepultando en calabozos a los que, guiados por la luz de la ciencia, realizaban notables descubrimientos contra los que los doctores religiosos habían consignado como dogma de fe, el poder negro del fanatismo llegó a dominarlo todo, desde la nación hasta la familia.

De este modo vino a ser la augusta religión de paz y caridad, en las manos sacrílegas de los que por ella encubiertos escalaron el poder espiritual, el arma alevosa con que sostuvieron sus privilegios y conservaron su omnipotencia.

De esta manera convirtieron la religión de paz, tolerancia y amor en negro estandarte de guerra y exterminio, e hicieron desaparecer del mundo la luz de la verdad, y las tinieblas de la ignorancia, la tiranía y la superstición cubrieron la tierra durante mil doscientos años.